Das Gemeindegebiet Seekirchens ist seit der Jungsteinzeit (seit mindestens 5000 Jahren) besiedelt. Nach den Kelten (im 6. Jahrhundert vor Christus) und 500 Jahren römischer Herrschaft, siedelten sich die Bayern (Bajuwaren) am Wallersee an. Der Hl. Rupert (Bischof von Worms) machte im Jahr 696 auf seinem Weg nach Juvavum in Walardorf (dem heutigen Seekirchen) Station. Hier errichtete er eine Kirche zu Ehren des Hl. Petrus. Die Reste dieser Kirche wurden 1977 unter der heutigen Stiftskirche entdeckt.

Politisches Leben in Seekirchen:
1424 wurde Seekirchen von Erzbischof Eberhard zum Markt erhoben.
1623 führte die Errichtung eines Gemeindeausschusses die ersten Ansätze einer bürgerlichen Selbstverwaltung.
Zur Verbesserung der Seelsorge errichtete 1679 Erzbischof Max Gandolf von Kuenburg in Seekirchen ein Kollegiastift, welches anlässlich der Festlichkeiten 1996 wieder erneuert wurde.

Seekirchen und die k.u.k. – Zeit
Nach dem Übergang an die Österreich-Ungarische Monarchie verlieh Kaiser Franz I. 1820 Seekirchen das Marktrecht. Durch das provisorische Gemeindegesetz von 1849 wurde Seekirchen in die beiden Gemeinden Seekirchen-Markt und Seekirchen-Land geteilt. Diese Teilung sollte bis zur Wiedervereinigung der Gemeinde im Jahr 1974 Bestand haben.
Der Bau der „Kaiserin Elisabeth Westbahn“ 1860 eröffnete Seekirchen den Anschluss an die weite Welt.

Der Name „Seekirchen“ leitet sich von der lateinischen Form „ecclesia ad See“ (die Kirche am See) ab, der an der Spitze des ältesten Salzburger Güterverzeichnisses steht. Der deutsche Name Seekirchen hat sich erst im 12. Jahrhundert durchgesetzt. Der Wallersee war damals - vor der Trockenlegung des Seemooses und mehrfacher Seespiegelabsenkungen - wesentlich größer und reichte bis nahe an die Kirche heran. Neben den Jahren 696, 1424, 1974 stellt die Stadterhebung am 24. September 2000 einen wesentlichen Meilenstein dar. Seekirchen – eine Stadt mit Zukunft